cospar.pp.get_X_pca

cospar.pp.get_X_pca(adata, n_pca_comp=40)

Get X_pca.

Parameters
adata : AnnData object

n_pca_comp : int, optional (default: 40)

Number of top principle components to keep

Returns

  • Modify adata.obsm[‘X_pca’].

  • If ‘X_pca’ existed before, save a copy at adata.obs[‘X_pca_old’]